パスウェイのメモ：KEGGとBioPAX

●KEGGは京都大学の生命システム情報統合データベースです。
http://www.genome.jp/kegg/
http://www.genome.jp/ja/gn_kegg_ja.html

●BioPaxはパスウェイデータフォーマットの標準化を目指す
オープンコミュニティーです。
http://www.biopax.org/

これまでに多くのパスウェイデータベースが構築されてきましたが、
各データベースが独自フォーマットで作成されている為に
データが集約されていなかったり、データベースを横断して解析できない
問題が有ります。
そこで、パスウェイデータの国際規格を作ろう！ということで
BioPAXの登場です。

GeneSpringGX version10ではBioPAXで定義されたパスウェイを
取り込み可能です。
例えば、KEGGがBioPAX形式のファイルを公開していますので
http://www.biopax.org/　一番下の段リンクから入手できます。
「KEGG is available in BioPAX Level 1 format. 」
〜.owlというファイル1個が、1枚のパスウェイ図になります。

ただし、このftpサイトに置いてあるbiopaxのファイルは
level1というバージョンのもので2005年頃より更新されていません。
現在biopaxのlevel2というフォーマットに対応するための作業を
行っているそうなので、更新されたらまた記載したいと思います。