2009-01-01から1年間の記事一覧

今週見つけた新製品

分子生物学会にて展示が有ったものリスト Affymetrixが発表していた新アレイシステムGeneAtlas http://www.affymetrix.com/jp/promotions/geneatlas.affx 2010年3月発売予定 スキャナー等一式システムで630万円 4アレイ1チップの新アレイ。 発売時はヒト、マ…

GeneSpringGX バージョン11リリース

遂にリリースされました。 が、パソコンの搭載メモリによってはアップデートすると起動しない場合が有ります。 GeneSpringアイコンダブルクリックしても動かない、という場合の 改善方法はこちら↓【Windowsデフォルトのインストール場所の場合】 C:\Program …

IPA8.0 update

先日IPAが7.6→8.0にUpdateしました。 一見すると大枠は変わって無いですが、細かいところは便利に なっている様です。 GeneSpring v11は・・・まだかなぁ...

FlowJoのWindowsユーザー専用の技

Windows版FlowJo7.2.5では、コピーペーストでパワーポイントへ 図を張り付けるとグループ解除が出来ません。代わりに、下記方法でグループ解除出来る図作成して パワーポイント直接変換出来ます。レイアウトエディターの画面から、 ・Batchボタンを選択 ・Po…

Windows7を触ってみました

先日リリースされたWindows7、既に導入された方もいると思います。 とりあえず触る機会が有ったのでアレコレいじってみました。 色々バージョンが有りますが、今回使ってみたのは Windows7 Ultimate 64bit版です。 結論として、結構快適です。 メモリ2GB、デ…

新型USBのアレ

FlowJoのUSBドングルが新しくなるそうです。 微妙にジオンMSっぽい様な・・・3倍速く解析は出来ないだろうなぁ(笑) 本日11/2付の紫綬褒章に 慶應の岡野先生とTGFβの宮園先生のお名前を発見。 おめでとうございます。 下記ニュースより転載 【文部科学省】 〔…

「ワイン愛好家のためのボルドー大試飲会」

http://www.vinotheque.co.jp/tasting.html 参加費1万円ですが、行くしかない! ホテル オークラですよ、OOKURA!(?) ウン万円ワインがゴロゴロしてて、高いの&美味いのは 即無くなります。スタートからお目当てのワインへ早足。 大人は走りません。ただ…

次世代・・・

次世代フローサイト・・・に分類されるかも? http://www.accuricytometers.com/ データ量というわけではなく、価格やコンパクト性ですね。 2レーザー4色、6万ドル。 BD FACSCALIBURと同等機能なので、金額は魅力。 海外の口コミサイトでも評判は良いらしい…

いざ大阪

関西はまだまだ未開拓なので数店しか巡ってませんが 1回ふらりと立ち寄ったこちらはなかなか。 スペイン居酒屋 バルマル心斎橋 http://r.gnavi.co.jp/c235701/ グラスワインもそこそこ種類を置いていて、 気軽に行けます。テーブルが小さいので2名が丁度良い…

MAC10.6へのGeneSpring対応情報

Mac OS10.5&10.6でGeneSpringGX10が動くようになったと事です。 ★動作環境がアップデートされました。 MAC Version (32 bit) Mac OS X (10.4.x Tiger, 10.5.x Leopard, 10.6.x Snow Leopard) JVM 1.5.0_05 or higher 1GB RAM or higher 1GB available disk …

C型肝炎ウイルスの感染培養情報

http://www.virologyj.com/content/6/1/103 三次元培養装置を使うと、C型肝炎ウイルスの感染細胞培養が 上手くいくらしい?例です。 http://www.synthecon.com/ 細胞をプカプカ浮かせて培養するというものですね。

MAC OS X Snow Leopard 10.6の話

詳しい機能はMacに詳しい皆様に任せるとして、 対応ソフト情報です。 まず GeneSpringGX Version10はOS10.6では動きません! なんと… 10.4Tigerでは動作保障が有るのですが。 ちなみに10.5でもダメです。 Macユーザーの皆様には申し訳ありません。 一応、今…

渋谷と仙台 ワイン

渋谷東急本店をすり抜けて、代々木上原方面にオープンした 和菜伊食 OH!NO! BUONO! オーノ・ブォーノ。 http://ohno-buono.jp/ 7月オープンという事でしたが、これまた美味かった… ワインも手ごろな価格です。 4人くらいまでが最適な小さなお店です。 ★ 仙台…

東京シンドローム

本日は東京の1軒です。銀座 ゼットン http://r.gnavi.co.jp/g714600/箸袋が折り紙になっているのですが、未だに完成した試しが有りません。 酔っぱらってカニを折るのは不可能という事ですね。 先日、訳あって某演奏をしたら300人くらい人が…(笑)楽器は良…

次世代シークエンスのデータ解釈についてヒント資料など

GenomWebで見つけたPDF http://www.genomeweb.com/sites/default/files/pdfs/genomeweb/GTechSeqGuide1208.pdf ・全部英語ですが、ベーシックな読み物? 論文 http://www.pnas.org/content/early/2009/01/30/0812945106.full.pdf cDNAをRoche社454で読んだデ…

仙台七夕

新幹線の満席具合や、ホテルの予約が一杯だったりで おかしいと思っていたら「明日から仙台七夕祭りですよ」というご連絡... ありがとうございます。何とか手配できました。 50万人の人出は半端ではありませんね。 今回はバスを使わず電車移動にしようかなと…

Log2とLinearの話〜GeneSpringGX10

GeneSpringGX10はデータをLog2に変換してノーマライズ、インポートをします。 ここで思いつくのが、「なんでLog2にしてしまうの?」ということです。 いわゆる「ソフトの仕様です」だそうですが...(笑) この為、GeneSpringGX10の遺伝子変動折れ線グラフ上…

MacでフォーマットされたMOをWindowsで読み込むには?

古いOSのMacでフォーマットされているMOが Windowsで読めないという状況、有りますか? 昔のデータがMOにあるけど、Macが無いよー…そんな時。 「MacDrive」というソフトで解決できます。 お金かかりますが、体験版なら一週間だけタダです。 ・体験版をインス…

映画『私は猫ストーカー』

http://www.nekostalker.jp/ 猫好き必見。公式Webでアイコンクリックすると鳴き声が出るので 飼い猫が落ち着き無くウロウロ。

Let's 夏の快眠

夏はエアコンで体が冷えたり、外気温と室温の差が 激しいため、疲れやすく、体温調節の機能が低下しがちに。 この体温調節機能の低下が眠りにくさの原因の一つです。お風呂で体を温めると、体温の上昇を抑えようと 熱放散が盛んになり発汗作用との相乗効果で…

次世代シークエンスのデータ解析

どうやらRPKM(Reads Per Kilobase exon Model per million mapped reads) が重要みたいです。まだまだ調べないといけません... 統計アルゴリズムの1種??参考URL http://www.filgen.jp/Product/BioScience21-software/index11-g.htm下記にmRNA seqのDigita…

記事:猫は人間の「脆弱性」を利用している

http://www.mypress.jp/v2_writers/beep/story/?story_id=1844579 http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/8147566.stm猫のゴロゴロ鳴き声は、飼い主を操る? 言われてみれば確かに...(笑)

パスウェイのメモ:KEGGとBioPAX

●KEGGは京都大学の生命システム情報統合データベースです。 http://www.genome.jp/kegg/ http://www.genome.jp/ja/gn_kegg_ja.html ●BioPaxはパスウェイデータフォーマットの標準化を目指す オープンコミュニティーです。 http://www.biopax.org/ これまでに…

論文検索:HighWire Press

http://highwire.stanford.edu/スタンフォード大学のライブラリーで、 検索する論文発表年数やPubMedを検索先に含む様に指定したり、 色々注文できます。 最古の論文は1753年(!)からサーチ出来る様ですね。 以下はサイトのトップページ原文です。 A divis…

アンケート:マイクロアレイデータ解析手法の一般論は有るのか?

http://enq-maker.com/result/atizHI5 こちらで日々集計中です。 GeneSpringGXでの解析ワークフローで迷われた時の ちょっとした参考にして頂ければ幸いです。

microRNAからの情報検索

「ARGONAUTE 2」 http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/argonaute/ ドイツのハイデルベルグ大学で作成されているデータベースで、 哺乳類のmicroRNAとターゲット以外にも、組織別発現情報や 既知の機能情報等が収集されているそうです。トップページか…